大部分的琐碎任务都是由火影直接交待部队长，再由部队长发配给中队、小队。四个部队人员配置也稍有不同，以卡卡西的部队为例，这个部队以中近距离战斗、刺杀、潜行、埋伏等等人员为主。特殊暗部人员像是八生、蓝巳是直属於一位叫做飞雄马的部队长。火影得直接调配单一暗部人员，或直接对任何一个层级发配任务、命令。
自从卡卡西上任部队长，便很少出村。暗部的工作不分日夜，火影大楼有一间部队长办公室，卡卡西和穗的客厅也摆设为第二间书房，取消沙发的设置。直属中队长不敢派长期任务给穗，因此她常常留在家里陪部队长，卡卡西却对於几乎不需要出任务的生活感到焦虑。
「嘛，像我这种年轻的菁英战斗人员，坐在办公室岂不是太浪费了。」
「我觉得很好。」穗挑起眉。
「幸好还有副部队长啊…」卡卡西不时会为自己安排短期任务，把办公室交给副部队长浩策。
「我看你是静不下来，整天打打杀杀的…」
卡卡西成为部队长，水门想见穗就得挑时机了，越过自己这个弟子，传令穗到火影办公室发配任务这种事情，是要忍受低气压的。
卡卡西在过去一年，带领数个中队剿清大蛇丸巢x，具T成绩斐然，大蛇丸遍布各国的实验室，皆已由火国破坏或是接管，当初卡卡西和穗所潜入的秘密处所也已变成废墟。大蛇丸在田之国的本营，则於漫长刺杀活动中逐渐瓦解。当时身付重伤的大蛇丸，动用仅存资源，买通田之国大名，获得田国大名庇护。
「大蛇丸在田大名都城内，如果进入大名都城进行刺杀，一个不小心就会变成与雷国的冲突，现在只能尽量进行防堵。」水门在自家饭桌上说。
卡卡西叹口气。「如果我在场，就不会让他跑了。」
「谁叫你听到穗要回国就P颠跑回来，老师你太快升他部队长了，这家伙根本没有收尾。」带土用筷子指他。
其实水门不升他部队长是不行的，在这点上确实是因为直系师徒关系。部队长空缺如果等卡卡西任务完成，顺利归村才决定人选，很有可能在团藏或其他长老压力下，提早出现其他竞争人选。
「原来如此，我当大蛇丸恩人的次数又要计上一次。」穗斜看向卡卡西哀怨的Si鱼眼：「还以为你是天才。」
内伤的卡卡西闷头吃饭。
「穗，你还说呢。」富有同情心的琳，先看不下去两人对卡卡西的围攻。见到卡卡西就哭成泪人的穗，还有资格说这种话吗？
「总之，因为雷之国介入，研判大蛇丸手中大量情报仍藏在田之国境内。为了防堵雷国抢先窃取，或是大蛇丸以这些情报作为筹码，我们必须找到秘密情报处所进行销毁。长老们十分担心这件事，毕竟雷国一直以来动作不断。」水门顿一顿，看向卡卡西和穗。
两人停下吃饭的动作，这种开场白他们听过无数次，只是以前不曾在饭桌上。
「今天在会议上，团藏当着所有长老，提出由他负责这件事，因为他已经掌握大蛇丸最重要的秘密情报处所具T消息。」水门的手指在桌上敲：「这是个陷阱。」
团藏不可能毫无准备，白白将秘密情报处所消息在长老会议上公布，想必团藏已经从秘密情报处所得到他想要的东西。团藏也知道，水门人马不会放任团藏擅自处理秘密处所。
「团藏以他掌握充足情报为由，主张由他派出一组根部四人。我坚持穗是最适合的人选，要求他只能派出一人，他妥协了。」
「我一个人去就好了，没事的，不过是放火烧一烧什麽的。」穗道。